Czasy życia Mikołaja Kopernika przypadają na schyłek średniowiecza, w którym istniały bardzo ścisłe związki pomiędzy astronomią, astrologią i medycyną. Panowało wtedy przekonanie, iż ciała niebieskie, szczególnie położenie oraz ruchy gwiazd i planet, wywierają bezpośredni wpływ na zdrowie człowieka.

W księgozbiorze polskiego uczonego ważne miejsce zajmowały książki o tematyce medycyny praktycznej, co było wynikiem jego działalności lekarskiej u boku biskupa w Lidzbarku Warmińskim oraz w kapitule warmińskiej we Fromborku. W 1501 roku Mikołaj Kopernik uzyskał od kapituły środki na sfinansowanie swoich studiów medycznych w Padwie we Włoszech i już w październiku rozpoczął naukę. Na Warmii nie było wówczas lekarza, a  władze kościelne chciały posiadać w swoim gronie wykształconego medyka.

Kopernik bardzo poważnie podchodził do swojej praktyki lekarskiej. Na jednej z prac medycznych zanotował: „Zapamiętaj to lekarzu! Prawdziwe jest owo powiedzenie Avicenny, że niewiedzący doprowadza do zabójstwa i dlatego jego powiedzenie powinno być w pamięci każdego ostrożnego lekarza”. Po  powrocie ze studiów przeszedł od razu do zajęć praktycznych w zakresie medycyny. Został lekarzem kapituły warmińskiej, przybocznym medykiem biskupa warmińskiego. Do roku 1512 pracował w Lidzbarku Warmińskim, gdzie rozwinął praktykę lekarską. W tym samym roku przeniósł się do Fromborka i pozostał w nim aż do śmierci.

Do obowiązków lekarza w tamtych czasach należało nie tylko wypisywanie recept, ale przygotowanie medykamentu i dostarczenie go choremu. Jak wskazują recepty pozostawione przez Kopernika, korzystał z dostępnych środków leczniczych: składników pochodzących z zielarstwa, medycyny ludowej oraz tych zalecanych przez Avicennę i inne autorytety terapii. Wyznawał zasadę, że najlepsze są krótkie instrukcje. Jedna z wystawionych recept dobrze to dokumentuje: „Weź dwie kwarty wina sublimowanego, dodaj cztery drachmy suszonych fig, cynamonu, goździków i szafranu po pięć drachm każdego. Używaj wygodnie i niestrzemięźliwie. Jeśli Bóg zechce to pomoże”. Taki specyfik był przepisywany na dolegliwości brzuszne.

Według źródeł Mikołaj Kopernik był dostępny ze swą wiedzą medyczną także dla ubogiej ludności, nie tylko dla możnych mających przywileje. Przygotowywał leki dla ubogiej ludności Warmii, szczególnie dla tych, którzy trafili do Szpitala św. Ducha we Fromborku. Miał także osiągnięcia w zakresie epidemiologii i profilaktyki zdrowia.

Portret uczonego z konwalią w ręku świadczy o tym, że dla ówcześnie żyjących był głównie kanonikiem i lekarzem. Przedstawiony na obrazie kwiat jest symbolem sztuki lekarskiej. Dla nas, współcześnie, to genialny badacz astronom. Kopernik jednak to człowiek wszechstronnie utalentowany, należy pamiętać, że zajmował się również matematyką, kartografią, ekonomią, administracją, a nawet poezją.